A água do mar utilizada para apagar o fogo (média diária de 1 bilhão de litros) torna-se poluída por metanol e etanol ao entrar em contado com os tanques incendiados. A parte dela que não evapora retorna ao próprio mar. Estima-se que cerca de 8,5 toneladas de peixes já tenham morrido.

Como se teme que vazamentos agora indetectáveis possam causar incêndios no futuro, técnicos americanos da empresa Williams Fire & Hazard Control se instalarão em Santos por algum tempo. Esses vazamentos contaminarão cada vez mais o solo, a vegetação e o mar. Rios da região também sofrem consequências: milhares de peixes mortos devido ao aquecimento da água, à poluição por metano e etanol e à falta de oxigênio.

Somente após a extinção radical do fogo se medirá efetivamente a situação do ar e os efeitos do dióxido de enxofre no organismo de moradores da região – há residências num raio de três quilômetros em relação ao parque industrial.